2002年6月3～6日在江苏南京召开，南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室、中科院上海植物生理生态研究所植物分子遗传国家重点实验室、本学会、中国农科院棉花所等联合承办。会议主题：增进国际合作，加快棉花结构和功能基因组的研究和开发利用。与会代表来自11个国家的131人，共收到95篇研究论文。其中，我国有102名学者参加，提交47篇论文。这些文章分别覆盖了基因组作图和QTL分析、物理作图、功能基因组分析、遗传资源及细胞遗传学、生物信息学等5个领域。大会发言35篇，墙报交流60篇。

　　学术讨论会的主要议题包括：加强合作，减少重复劳动，加快进步；加速构建基于PCR分子标记的棉花遗传连锁图谱；创造合适工具，整合棉花遗传图谱和物理图谱；发明新的棉花基因组研究工具，进行棉花多倍体进化研究及棉花特异种质创新与改良；借鉴模式作物拟南芥研究结果对棉花进行比较基因组研究；培养棉花基因组研究人才。

　　理事长喻树迅在大会致词。