2001年9月4～8日在辽宁省大连召开，会议由辽宁省农业科学院经济作物研究所承办。会议代表259名。会议主题：新世纪棉花新科技；棉业振兴。

　　中国农业科学院王运浩院长助理代表中国农科院张奉伦副院长出席开幕式并致词，中国农学会陈建华秘书长、辽宁省农科院付景昌副院长到会讲话。浙江大学季道藩先生以及部分省棉花学会、有关院校等单位也向大会致词祝贺。第五届代理事长夏敬源做第五届理事会工作报告，秘书长项时康做关于修改学会章程的报告。会议投票选举产生第六届理事会和领导成员，理事98名，常务理事56名；修改了学会章程，增加的主要内容有会员的多元化和棉花产业链的延长，对学会会员和学会工作的范围由棉花界拓宽到棉业界。大会收到论文200余篇，会前编印出版论文摘要汇编，共收集论文135篇。7人做大会报告，31人在分组会上报告交流。

　　会议期间召开了常务理事会，决定今后每年举行一次年会，原全国棉花学术讨论会和全国中青年学术讨论会一同并入年会。

　　第六届理事长喻树迅在闭幕式上做报告，常务副理事长兼秘书长王坤波做大会总结。

　　会议决定，以后的年会不再专门遴选会议代表，凡与会者（包括学术交流的论文作者）均为大会代表；会前出版论文汇编。