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中国农业科学院棉花研究所成立于1957年。2000年3月31日增挂河南省棉花科学研究所牌匾。全所有职工479人，其中科技人员200人，有土地247公顷，在海南岛有野生棉种植园。
设有办公室、党办人事处、科技管理处和产业发展处4个管理部门，品种资源、生物技术、遗传育种、耕作栽培、植物保护、小麦玉米和情报资料7个研究室，科技贸易公司、试验农场总场和纺纱试验室3个经济实体，国家棉花改良中心、国家棉花新品种技术研究推广中心、中国棉花学会、农业部棉花品质监督检验测试中心、农业部棉花遗传改良重点开放实验室和中国农科院旱作南繁中心挂靠在我所。
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